Что лучше — зарегистрировать ООО или ИП?

При открытии ООО Вы не будете отвечать своим имуществом по долгам Общества. При ИП Вы отвечаете своим личным имуществом за долги, однако сможете легче получить кредит.

Индивидуальный предприниматель может «обналичивать» деньги совершенно легально.
В остальном Индивидуальный Предприниматель не отличается от ООО. Он имеет право подписывать договора, нанимать сотрудников, арендовать помещение и другое.

На начальной стадии образования, сотрудникам лучше платить проценты от прибыли. Позже, когда прибыль возрастет, можно будет перевести сотрудников на оклад.
По поводу сдачи налоговой отчётности, то это дело лучше поручить специализированной фирме.
Для внутреннего учета лучше взять отдельного бухгалтера.